牡丹和芍药的最大区别在于牡丹是灌木，木质茎，而芍药则是宿根草本，革质茎。
牡丹的叶片先端常常再裂；芍药的叶片先端是尖的，不再分裂。
牡丹的茎为木质，落叶后地上部分不枯死；芍药的茎为草质，落叶后地上部分枯死。
牡丹叶片宽厚，正面绿色略呈黄色，而芍药叶片狭薄，两面均浓绿色；牡丹的花朵着生于花枝顶端，花径一般在20厘米左右；
芍药花单生枝顶或近顶端叶腋花径在15厘米左右。
另外，牡丹一般在4月中下旬开花，而芍药则在5月上中旬开花，牡丹比芍药早半个月左右开花。
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